Katedrę Aparatury Przemysłowej stworzył w 1957 roku profesor Jan Krakowski, wychowanek profesora Ignacego Mościckiego (prezydenta RP, twórcy Tarnowskich Azotów, od którego nazwiska nazwano Mościce, dzisiejszą dzielnicę Tarnowa). Profesor Jan Krakowski był również pierwszym kierownikiem Katedry
W roku 1970, w związku ze zmianą struktury organizacyjnej Uczelni, Katedra połączyła się z trzema innymi katedrami tworząc Instytut Aparatury Przemysłowej i Energetyki, w ramach którego wyodrębniono pięć zakładów. Jednym z nich był Zakład Aparatury Przemysłowej, wywodzący się ze swej poprzedniczki - Katedry. W latach dziewięćdziesiątych, w ramach istniejącej struktury, powrócono do starej nazwy - Katedra Aparatury Przemysłowej.
Po śmierci profesora Krakowskiego kierownictwo Katedry przejął profesor Michał Dyląg, przekazując je na około dwa lata docentowi Ryszardowi Matejskiemu (w tym czasie prof. Dyląg był dziekanem Wydziału Mechanicznego). Kolejnym kierownikiem Katedry był prof. dr hab. inż. Jerzy Kamieński, który pełnił tą funkcję aż do roku 2017.
W roku 2009 Instytut opusciła, usamodzielniając się, Katedra Energetyki, a pozostała część Instytutu, licząca trzy Zakłady i Katedrę Aparatury Przemysłowej, przyjęła nazwę Instytutu Inżynierii Cieplnej i Procesowej.
W roku 2017 decyzją władz Uczelni Katedra Aparatury Przemysłowej została połączona z Zakładem Mechaniki Płynów w jedną Katedrę Aparatury Przemysłowej i Mechaniki Płynów, w której utrzymano nadal nieformalny podział na dwa zespoły: Aparatury Przemysłowej i Mechaniki Płynów. Kierownikiem połączonej Katedry został prof. dr hab. inż. Kazimierz Rup, którego w 2018 roku zastąpił na tym stanowisku prof. dr hab. inż. Piotr Duda.
Od początku istnienia Katedry przez jej sale przewinęło się 55 pracowników. Stworzyli oni niepowtarzalną atmosferę, dorobek naukowy liczący się nie tylko w Polsce, ale dostrzegany i za granicą, wykształcili już nie setki ale tysiące studentów.